อุบัติเหตุและความขัดข้อง

• วันที่ 19 มิถุนายน พ.ศ. 2560 เวลา 6.52 น. นางสาวเอ (นามสมมติ) อายุ 31 ปี ได้พลัดตกลงไปในรางรถไฟฟ้าฝั่งมุ่งหน้าไปสถานีพญาไท ณ สถานีบ้านทับช้าง ในขณะที่รถไฟฟ้ากำลังจะเข้าเทียบชานชาลาในอีก 100 เมตร ทำให้ขบวนรถทับร่างนางสาวเอเสียชีวิต ณ ที่เกิดเหตุทันที จากเหตุการณ์ดังกล่าวทำให้ บริษัท รถไฟฟ้า ร.ฟ.ท. จำกัด ประกาศปิดให้บริการในส่วนบ้านทับช้าง - สุวรรณภูมิชั่วคราว เพื่อให้เจ้าหน้าที่ตำรวจและหน่วยกอบกู้ลงพื้นที่เก็บหลักฐานก่อนกลับมาเปิดให้บริการอีกในเวลา 10.00 น. เหตุการณ์ดังกล่าวถือเป็นอุบัติเหตุครั้งร้ายแรงครั้งแรกของระบบรถไฟฟ้าแอร์พอร์ต เรล ลิงก์ และทำให้ รถไฟฟ้า ร.ฟ.ท. เร่งแผนการติดตั้งประตูกั้นชานชาลาเพิ่มใน 7 สถานีที่เหลือ คาดว่าจะแล้วเสร็จในสถานีแรก เดือนเมษายน พ.ศ. 2561[11][12] อย่างไรก็ตาม แผนการติดตั้งประตูกั้นชานชาลากลับไม่ได้มีความคืบหน้าตามแผน เนื่องจากกระทรวงคมนาคมและคณะกรรมการนโยบายรัฐวิสาหกิจได้แจ้งมติที่ประชุมคณะรัฐมนตรีว่าต้องการให้การรถไฟแห่งประเทศไทยโอนย้ายกิจการรถไฟฟ้าแอร์พอร์ต เรล ลิงก์ และรถไฟฟ้าชานเมืองสายสีแดง ให้เอกชนดำเนินการในรูปแบบความร่วมมือระหว่างภาครัฐและเอกชน (PPP)[13] ทำให้การรถไฟแห่งประเทศไทยชะลอแผนการลงทุนทั้งหมดจนกว่าจะได้ความชัดเจนเรื่องการบริหารงานจากคณะกรรมการนโยบายการให้เอกชนร่วมลงทุนในกิจการของรัฐ นายวีระ เปลี่ยนหล้า บิดาของ นางสาวเอ จึงฟ้องร้องเรียกค่าเสียโอกาสจากการรถไฟแห่งประเทศไทย รถไฟฟ้า ร.ฟ.ท. กระทรวงคมนาคม และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคม เป็นจำนวนเงิน 30,000,000 บาท พร้อมทั้งขอให้ศาลสั่งให้การรถไฟแห่งประเทศไทยจัดทำระบบประตูกั้นชานชาลา และจัดยามรักษาความปลอดภัยตลอดเวลาให้บริการเพื่ออำนวยความสะดวกให้แก่ผู้โดยสาร[14] ซึ่งต่อมาการรถไฟแห่งประเทศไทยได้เพิ่มเรื่องระบบประตูกั้นชานชาลาของรถไฟฟ้าแอร์พอร์ต เรล ลิงก์ ลงในข้อกำหนดของงานระบบรถไฟความเร็วสูงสายตะวันออก
• วันที่ 13 กรกฎาคม พ.ศ. 2564 เวลาประมาณ 18.00 น. เกิดเหตุฝนฟ้าคะนองบริเวณพื้นที่ช่วงหัวหมาก - บ้านทับช้าง และมีฟ้าผ่าเข้าโครงการในพื้นที่ดังกล่าว จากการตรวจสอบพบว่าฟ้าผ่าได้ทำให้สายส่งไฟฟ้า (Messenger Wire) ขาดช่วงในพื้นที่ ส่งผลให้ รถไฟฟ้า ร.ฟ.ท. ต้องปรับรูปแบบการเดินรถเป็นการเดินรถจากสถานีหัวหมากจนถึงสถานีบ้านทับช้างเป็นทางเดี่ยวตลอดช่วงจนถึงเวลาปิดให้บริการ ต่อมา รถไฟฟ้า ร.ฟ.ท. ได้แจ้งว่าการซ่อมแซมจะต้องใช้เวลาถึงสามวันเพื่อเดินสายส่งไฟฟ้าใหม่ทั้งช่วง โดยระหว่างนี้การเดินรถไฟฟ้าจะยังต้องคงรูปแบบการเดินรถทางเดี่ยวไปจนกว่าการซ่อมแซมจะแล้วเสร็จ

เหตุการณ์อื่น ๆ

• วันที่ 2 เมษายน พ.ศ. 2563 รถไฟฟ้าแอร์พอร์ต เรล ลิงก์ ประกาศปรับเวลาปิดให้บริการเวลาจากเดิมเป็น 21.30 น. ตามข้อกำหนดออกตามความในมาตรา ๙ แห่งพระราชกำหนดการบริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉิน พ.ศ. 2548 (ฉบับที่ 2) ลงวันที่ 2 เมษายน พ.ศ. 2563 โดยรถไฟฟ้าขบวนสุดท้ายจะออกจากสถานีปลายทางพญาไท และสถานีปลายทางท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ ในเวลา 21.00 น.
• วันที่ 15 พฤษภาคม พ.ศ. 2563 รถไฟฟ้าแอร์พอร์ต เรล ลิงก์ ประกาศปรับเวลาปิดให้บริการเวลาจากเดิมเป็น 22.30 น. ตามข้อกำหนดออกตามความในมาตรา ๙ แห่งพระราชกำหนดการบริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉิน พ.ศ. 2548 (ฉบับที่ 7) ลงวันที่ 15 พฤษภาคม พ.ศ. 2563 โดยรถไฟฟ้าขบวนสุดท้ายจะออกจากสถานีปลายทางพญาไท และสถานีปลายทางท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ ในเวลา 22.00 น.